与现代网络社会共同产生的假想空间「数码世界」，诞生了数位生命体「数码兽」，主机「世界树」管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、「世界树」发动「Ｘ计划」要除去