故事舞台设定在1600年关原之战14年后。德川家康击败丰臣政权、成为天下霸主后，曾支持丰臣家的武将真田幸村被幽禁于高野山脚下的九度山，与一直暗中以家臣身份追随他的忍者们一同隐姓埋名地生活。